Elsősorban a tervezés matematikai módszereivel, a matematika és a számítástechnika közgazdasági alkalmazásával, a gazdaság mechanizmusának elméletével foglalkozott. Közgazdasági művei több nyelven olvashatók. Legismertebb munkája „A hiány”, amely 1980-ban jelent meg.

Munkásságáért 1983-ban megkapta a magyar állami díjat és a német Alexander von Humboldt-díjat. 1994-ben Széchenyi-díjjal tüntették ki. 1997-ben megkapta a francia Becsületrend tiszti fokozatát. 2001-ben a stockholmi Közgazdaságtudományi Egyetem, majd 2003-ban a várnai közgazdasági egyetem, 2013-ban a pozsonyi Páneurópai Főiskola díszdoktorává avatták. 2005-ben Prima Primissima díjjal tüntették ki. 2007-ben a Magyar Köztársasági Érdemrend Középkeresztje a Csillaggal polgári tagozata kitüntetést kapta. 2007-ben Akadémai Nívódíjjal, 2008-ban – 80. születésnapja alkalmából – a Magyar Közgazdasági Társaság Közgazdász Életműdíjával tüntették ki. 2009-ben megkapta a Húsz éves a Köztársaság Díjat. 2010-ben a Magyar Köztársasági Érdemrend Nagykeresztje polgári tagozata kitüntetést kapta életművéért, a gazdasági rendszerek elméletének és működésének kutatásában elért, világszerte elismert eredményeiért.

Kornai János professzort a Debreceni Egyetem 2001-ben avatta díszdoktorává.